按照源田实的安排，参加第三攻击波的97式鱼雷轰炸机、99俯冲轰炸机和“彗星”俯冲轰炸机，都携带了用于破坏机场跑道的高爆炸弹和用来攻击油罐的250公斤穿甲弹。没有携带对付战列舰的鱼雷和500公斤、800公斤的穿甲炸弹。因此第三攻击波轰炸的目标，就是珍珠港的油库和机场。
首先遭到轰炸的油库区，当日本飞机抵达时，那里的大火仍然在熊熊燃烧。
虽然太平洋舰队司令部和夏威夷陆军司令部已经竭尽全力调集消防队，但是被点燃的油罐实在太多，珍珠港油库的中央控制泵根本来不及把燃油从被炸毁的油罐中抽走，泄漏的燃油在油罐周围熊熊燃烧。
现在消防队员们能做的除了给尚未被炸毁的油罐喷水降温，就是加固土堆以防止燃烧的重油泄漏出来波及其它油罐。驻夏威夷陆军的2个师这时候也派了拥有机械化工程器械的工兵帮助堆土，倒是把大火暂时控制住了。
可就在这个时候，该死的日本炸弹又落了下来，又炸掉了七八个完好的油罐，还炸死了不少正在灭火强险的消防队员和工兵，结果大火越烧越旺了。
随后珍珠港的机场也遭了殃，虽然油库大火产生的浓烟在一定程度上遮蔽了机场。但是日本飞行员冒险降低了飞行高度，冒着被猛烈的地面火力击落的风险，还是找到了四个主要机场中的三个，然后又投下了一百多枚炸弹，摧毁了一些机库，还把部分跑道炸的坑坑洼洼。
炸跑道倒是难不倒美国人，珍珠港基地在过去几十年中一直在施工，因此瓦胡岛上有不少工程队，还有许多工程机械，施工力量足够，只要一个晚上就能修复日本人炸出来的弹坑。
但是被炸毁的机库中有不少受损但是还有可能修复的飞机！而现在珍珠港内不缺飞行员就缺飞机，因为很多飞行员的飞机都在日军的第一和第二波空袭中被炸毁了。而美国本土距离瓦胡岛又有3000多公里，除了B-17和B-24这样的远程轰炸机，绝大部分美国飞机特别战斗机都没有那么大的航程，根本不可能自己飞到瓦胡岛，连美国的军用运输机C-47的航程都不够。
所以怎么向瓦胡岛补充飞机，就成了夏威夷作战的关键因素了。在金梅尔上将看到了日军第三、第四波空袭造成的损失报告后，他就立即向海军部提出了补充飞机的请求——现在瓦胡岛上的战斗机数量已经不足30架了，即便算上还有可能修复的战斗机也不到40架了，如果日本再发动几波攻击，瓦胡岛就没有战斗机可用了。
而刚刚小睡了一会儿的南云忠一刚刚醒来，同样听到一个让他紧张的消息。
“什么！？有几十架美国飞机跟随在返航的第四突击波战机的背后？”南云忠一立即就紧张起来了，“巴嘎，美国人真是太狡诈了，居然想要靠尾随来寻找我们的位置。”
“司令官，”第一机动舰队航空参谋源田实以为南云忠一要学英国人在东地中海大海战中的做法，放弃正在返航的第四突击波，连忙报告道：“所有的直掩飞机已经严阵以待，防空是没有问题的……而且在四波突击中，我方至少损失了69架飞机，有100多名帝国的飞行士已经血洒疆场了！”
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